Il 31 dicembre 2015 era prevista la fine del periodo transitorio durante il quale erano state sospese le sanzioni per le violazioni relative al SISTRI; quindi dal 1 gennaio 2016 era prevista:
Invece, con il decreto noto come "Milleproroghe", è stata prorogata di un anno, fino al 31 dicembre 2016, la durata del periodo transitorio sopra citato. Quindi per tutto il 2016 restano in vigore le prescizioni già applicabili nel 2015, cioè la tenuta del registro di carico e scarico e del formulario previste dal D.Lgs. 152/2006, nonchè le rerlative sanzioni. In aggiunta a tali adempimenti, per i soggetti obbligati ad aderire al SISTRI vide l'obbligo di impiego anche di tale sistema.